Aportaciones del Sistema BioXp™ para combatir COVID-19

Hasta el día de hoy el virus SARS-CoV-2  ha infectado a cientos de miles de personas a nivel mundial, llevándose miles de vidas a su paso. Como era de esperar, la Organización Mundial de la Salud, declaró hace ya casi un año la emergencia sanitaria reconociéndola como pandemia global. Desde entonces, se ha acelerado el ritmo de innovación para proporcionar a la comunidad científica potentes herramientas enfocadas en la prevención, detección y tratamiento y, así  poder combatir el virus.

El sistema BioXp ™ ha contribuido en este propósito permitiendo a la comunidad científica sintetizar rápidamente partes del genoma del virus SARS-CoV-2, haciéndolas fácilmente disponibles para el desarrollo de vacunas, diagnóstico y terapias.

En los primeros días de pandemia CODEX DNA quiso aportar su granito de arena cofinanciando la compra de BioXp ™ para apoyar a los distintos sectores de investigación. “No hay tiempo que perder”, dijo Todd R. Nelson, Ph.D., director ejecutivo de SGI-DNA, “por eso hemos creado recursos para nuestros socios y estamos cofinanciando las compras de BioXp 3200 para cualquier persona trabajando en una vacuna o tratamiento terapéutico. Los investigadores necesitan ADN y ARN sintéticos, que el BioXp 3200 puede proporcionar en tan solo ocho horas. Simplemente no tenemos ‘seis a ocho semanas, o más para esperar” (1). Un virólogo de la Universidad de Washington pudo beneficiarse de esta tecnología, gracias a la cual les fue posible construir candidatos a vacunas e inmunizar ratones en solo ocho días hábiles.

Por otro lado, CODEX DNA construyó el primer genoma sintético del SARS-CoV-2, que permitió a científicos de todo el mundo estudiar la COVID-19 de forma segura, sin tener que navegar por la infraestructura de bioseguridad necesaria para trabajar con un patógeno peligroso. Desde esa primera construcción del genoma, se ha mantenido el ritmo y generado varios genomas más para reflejar las diversas cepas y mutaciones observadas en la pandemia (2).

Recientemente, ha publicado un libro digital donde se recoge una variedad de artículos centrados en cómo se están utilizando herramientas novedosas

El libro electrónico ofrece una variedad de artículos centrados en cómo se están utilizando herramientas novedosas para acelerar la investigación relacionada con la pandemia (3). Entre estos artículos, se encuentra la aportación de CODEX DNA. Dicho artículo incluye una mirada a la biología básica del SARS-CoV-2, que comparte aproximadamente el 80% de su identidad genómica con el virus del SARS original el cual fue protagonista en 2002. También describe cómo la comprensión de su contenido genómico ha marcado una diferencia en la pandemia actual. “Los genomas atenuados de longitud completa, rediseñados racionalmente ayudan a desarrollar vacunas contra el virus”, indica el equipo de CODEX DNA. «Además, las partes del genoma viral facilitan la producción de anticuerpos contra los antígenos virales, lo que permite el desarrollo de opciones terapéuticas que podrían tratar eficazmente a los pacientes infectados».

El artículo describe con detalle cómo CODEX DNA aborda esos proyectos de síntesis, el proceso de ensamblaje jerárquico que utilizan, las herramientas de diseño patentadas; así como los resultados del análisis de secuencia que se realizan para verificar el resultado final. Ese primer genoma sintético, creado sin algunos avances técnicos clave que hicieron que los genomas posteriores fueran mucho más fáciles de construir, representó un esfuerzo extraordinario de los científicos. El artículo concluye con la siguiente cita: “Con la capacidad de sintetizar moléculas de dsDNA de alta precisión y permitir ciclos rápidos de iteración de diseño-construcción-prueba, el sistema BioXp ™ ampliará las capacidades de descubrimiento de los investigadores contra otros agentes infecciosos de humanos, ganado y plantas” (4).

Por último, cabe destacar que el sistema BioXp ™ 3250 ha sido seleccionado como una de las mejores innovaciones del año 2020 por The Scientist (5).

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Referencias

  1. https://codexdna.com/2020/02/18/sgi-dna-equipping-researchers-with-critical-tools-to-combat-coronavirus-disease-covid-2019/
  2. https://codexdna.com/2020/12/02/codex-dna-releases-new-synthetic-genomes-for-the-fight-against-covid-19/
  3. https://www.biocompare.com/3262-eBooks/570913-Accelerating-SARS-CoV-2-Research-with-Novel-Tools-and-Workflows/
  4. https://codexdna.com/2021/02/17/new-resource-biocompare-ebook-illustrates-how-life-science-tools-are-accelerating-covid-19-research/
  5. https://www.the-scientist.com/features/2020-top-10-innovations-68176